Pesantren ini bermula dari cita-cita Imam Ghazali Said untuk mendirikan sebuah lembaga pendidikan yang dapat memadukan sistem pendidikan tradisional seperti pesantren pada umumnya dengan sistem pendidikan modern seperti sekolah-sekolah formal. Akhirnya cita-cita ini didukung oleh isteri dan keluarga H. M. Noer dengan memberikan sebidang tanah yang bertempat di Wonocolo Gang Modin Surabaya sebagai lokasi pembangunan “Pesantren” seperti yang dicita-citakan oleh KH. Imam Ghazali, MA dan isteri.
Tanah ini pada mulanya adalah hibah H. M. Noer kepada isterinya Nikmah Noer, SH. dan nilai hibah sama juga telah diberikan kepada putera/puteri H.M. Noer yang lain. Atas usul KH. Imam Ghazali Said dan diperkuat oleh persetujuan segenap keluarga H. M. Noer tanah tersebut menjadi wakaf H. M. Noer dan Nikmah Noer, SH. untuk pendirian Yayasan Pesantren Mahasiswa An-Nur.
Pada tanggal 14 Rabiul Awal 1415 H, bertepatan dengan 21 Agustus 1994, tanah tersebut secara resmi diwakafkan kepada Yayasan Pondok Pesantren Sahabat Nur (saat ini Yayasan Pesantren Mahasiswa An-Nur). Proses ini disaksikan oleh tokoh-tokoh penting, termasuk Drs. KH. Abd Jabbar Adlan, Rektor IAIN Sunan Ampel saat itu, serta tokoh-tokoh masyarakat Wonocolo. Sekarang tanah tersebut sudah bersertifikat wakaf dengan nomor DP.33.933/94.301:6674/94.301:66:74/III/1/1994 nomor hak milik wakaf 1115 yang dikeluarkan oleh Badan Pertanahan Nasional surabaya tanggal 15-11-1994.
Pembangunan fisik Pesantren Mahasiswa An-Nur dimulai dengan mengandalkan dana utama dari H. M. Noer, ditambah dana swadaya yang diusahakan oleh Panitia Pembangunan Pesantren Mahasiswa An-Nur. Berkat komitmen kuat para pendiri, akhirnya pada tahun 1997, Yayasan Pesantren Mahasiswa An-Nur berhasil membebaskan lahan tambahan seluas kurang lebih 1000 m² di sebelah timur bangunan Pesantren Mahasiswa An-Nur tahap I, yang kemudian menjadi lokasi pembangunan Pesantren Mahasiswa An-Nur tahap II.
Peresmian Pesantren Mahasiswa An-Nur
Meski kegiatan belajar mengajar telah dimulai sejak 1 September 1994, peresmian secara resmi baru dilaksanakan setahun kemudian. Pada 21 Agustus 1995, bertepatan dengan 24 Rabi’ul Awal 1416 H, Pesantren Mahasiswa An-Nur diresmikan dalam sebuah acara yang menandai babak baru dalam sejarah pendidikan Islam di Surabaya.
Acara ini ditandai dengan seminar bertema “Pesantren Mahasiswa Sebagai Alternatif Pengembangan Pemikiran Islam di Indonesia” dan penandatanganan prasasti oleh KH. Abdurrahman Wahid, yang saat itu menjabat sebagai Ketua Umum PBNU. Peristiwa ini kemudian ditetapkan sebagai hari lahir resmi Pesantren Mahasiswa An-Nur.
Dalam perkembangannya, Pesantren Mahasiswa An-Nur terus beradaptasi. Pada tahun 1999-2000, jumlah santri mukim mencapai 107 orang, dengan tambahan sepuluh santri kalong. Mereka berasal dari berbagai perguruan tinggi di Surabaya, termasuk IAIN, UBHARA, UNAIR, ITS, AWS, dan UNSURI.